物性研短期研究会
「理論タンパク質物性科学の最前線:
理論と実験との密な協働」

2020.2.25更新


本短期研究会を延期することと致しました。
状況を見ながら、2020年度に研究会を開催したいと考えております。


日時:2020年2月28日(金)、29日(土) 延期 

場所:東京大学 柏キャンパス 物性研究所6階大講義室

物性研究所へのアクセス   (柏の葉キャンパス駅から無料シャトルバスあり)

キャンパスマップ

<開催趣旨>
 タンパク質は生命の基本要素であるが、各々のタンパク質はそれぞれ非常に異なる独特の物理的性質(物性)を有することが知られており、それらがタンパク質の機能につながっていると考えられる。 したがって、タンパク質の物理的性質と機能の間の相関を研究することは、生命機能を理解する上で極めて本質的である。
 近年のスーパーコンピュータの発展、および解析手法の進展が相まって、生体内でおこる化学反応解析の分野は格段の進歩を遂げている。また、実験手法の精度の向上により適用限界も広がりを見せており、理論と実験との協働により、より深いレベルでの生命現象の理解が可能になると予想される。これまで物性研では固体系を中心に、表面、分子などの共同利用・共同研究拠点として物性研究の中心として、分野を牽引してきた。今後は生体系や細胞レベルなど、生命系への貢献が期待されている。
 そこで、タンパク質物性科学における理論、計算と実験の共同研究について、最新の成果の情報交換をすると共に、今後の展望について議論するために本研究会を開催する。
<プログラム>

2月28日(金)

10:00-10:10 Opening (森初果・東京大学)
■ (座長 重田育照・筑波大学)
10:10-10:40 吉田紀生(九州大学)
  「生体分子の溶媒和統計力学理論によるタンパク質機能解析への展開」
10:40-11:10 五十嵐圭日子(東京大学)
  「固液界面におけるセルラーゼの動的挙動とシミュレーション化」
11:10-11:40 宮下治(理化学研究所)
  「構造生物学へのハイブリッドアプローチ:シミュレーションと実験データの融合」
11:40-12:10 佐々木裕次(東京大学)
  「生きた細胞・小動物を用いたX線1分子追跡技術の確立」

     昼食

■ (座長 吉田紀生・九州大学)
13:20-13:50 杉田有治(理化学研究所)
  「Reduced Efficacy of Kinase Inhibitor in Crowded Protein Solution」
13:50-14:20 内橋貴之(名古屋大学)
  「高速原子間力顕微鏡と数理シミュレーションの協働による時計タンパク質KaiCのダイナミクス解析」
14:20-14:50 立川正志(京都大学)
  「細胞小器官の自己組織化形成」

     休憩

■ (座長 石北央・東京大学)
15:10-15:40 庄司光男(筑波大学)
  「GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明:新規反応経路探索手法の開発と適用」
15:40-16:10 新井宗仁(東京大学)
  「機能性タンパク質の理論的設計」
16:10-16:40 望月祐志(立教大学)
  「FMOプログラムABINIT-MPの整備状況、ならびにFMO-DPD法の開発と応用」

     休憩

■ (座長 庄司光男・筑波大学)
17:00-17:30 玉田太郎(量子科学技術研究開発機構)
  「電子伝達タンパク質の高分解能構造解析」
17:30-18:00 石北央(東京大学)
  「タンパク質中におけるプロトン移動と電子移動」





2月29日(土)

■ (座長 野口博司・東京大学)
  9:00-9:30  原田隆平(筑波大学)
  「生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用」
 9:30-10:00  白木賢太郎(筑波大学)
  「相分離生物学」
10:00-10:30 秋山良(九州大学)
  「排除体積効果による溶液の分離」

     休憩

■ (座長 秋山良・九州大学)
10:50-11:20 吉澤拓也(立命館大学)
  「相分離性タンパク質の分子挙動解析」
11:20-11:50 乙須拓洋(埼玉大学)
  「蛍光寿命の相関解析に基づく生体分子のダイナミクス解析」

12:00-13:30  ポスター発表(軽食あり)

■ (座長 井上圭一・東京大学)
13:30-14:00 岩崎憲治(筑波大学)
  「生体内光センサー蛋白質のクライオ電顕単粒子解析」
14:00-14:30 林重彦(京都大学)
  「タンパク質分子機能活性化の理論的研究」
14:30-15:00 當舎武彦(理化学研究所・SPring-8)
  「実験と理論計算で解き明かす生体システムによる効率的な一酸化窒素分解機構」
15:00-15:30 寺川剛(京都大学)
  「DNA上のタンパク質の混み合い・衝突問題へのアプローチ」
15:30-15:40 Closing (重田育照・筑波大学)



◎ ポスター講演者一覧:

  1. 柳昂輝 (筑波大学) 異なる溶媒における環状ペプチドの構造変化と溶媒和自由エネルギー
  2. 清水奏 (立教大学) 計算化学と実験が融合した次世代治療・診断実現のための中分子創薬に関する基盤研究
  3. 田村宏之 (東京大学) 光合成反応中心での電荷分離機構のQM/MM/PCM法および量子ダイナミックス計算による研究
  4. 榮慶丈 (高度情報科学技術研究機構) 改良したDouble-decoupling法によるリガンド-レセプター間の結合自由エネルギー計算
  5. 八木清 (理化学研究所) 分子動力学計算ソフトウェア GENESIS 1.4 の開発と生体分子系への応用
  6. 大原和久 (東京大学) 理論的設計によるジヒドロ葉酸還元酵素の高活性化
  7. 季高駿士 (東京大学) タンパク質間相互作用を阻害しうる小型タンパク質の合理的設計
  8. 丸山豊 (理化学研究所) 量子アニーラによる蛋白質の構造予測
  9. 斉藤圭亮 (東京大学) 光化学系IIにおける過還元Mn4CaO5錯体のプロトン化機構
  10. 永田崇 (東京大学) 動物の視覚光センサータンパク質・ロドプシンにおける発色団のプロトン化に関する変異体解析
  11. 新岡侑也 (筑波大学) 星間空間におけるCO氷表面上でのCH3OH生成過程
  12. 辻村真樹 (東京大学) アニオンチャネルロドプシン吸収波長制御機構の解明
  13. 鬼頭(西岡)宏任 (筑波大学) ヘリオバクテリア光合成反応の励起子相互作用計算: 光化学系Iとの比較
  14. 三橋孝司 (東京大学) 光化学系Iタンパク質における光捕集機構の解明
  15. Hengphasatporn Kowit (筑波大学) Multiple Virtual Screening Strategies for the Discovery of Novel Compounds Active Against Dengue Virus: A Hit Identification Study
  16. 石川航平 (筑波大学) 酸化型[Ni-Fe]ヒドロゲナーゼの活性中心についての理論的研究
  17. 樋口祐次 (東京大学) 粗視化シミュレーションによる荷電脂質ベシクルの変形
  18. 中川峰里 (東京大学) 金属錯体のpKa・電位計算手法の確立
  19. 大岡紘治 (東京大学) 統計力学モデルによるリゾチームとαラクトアルブミンのフォールディング機構の解析
  20. 奥原千佳 (筑波大学) 分子動力学シミュレーションを用いたCRISPR-Cas9のOff-target効果に関する理論的研究
  21. 長坂勇次郎 (東京大学) イオン輸送型ロドプシンのチャネル/ポンプ機能スイッチング
  22. 爲本尚樹 (東京大学) 反応拡散系とカップリングした生体膜の変形
  23. 野地智康 (東京大学) 光化学系IIコア複合体の光捕集機構の解明
  24. 大出真央 (慶應義塾大学) クライオ電子顕微鏡画像から蛋白質ドメイン運動の自由エネルギー地形を描く新規解析法
  25. 苙口友隆 (慶應義塾大学) 蛋白質トリプトファンのダイナミック・ストークスシフトの分子動力学による解釈


注意事項


オーガナイザー
筑波大学計算科学研究センター 重田育照
東京大学物性研究所 野口博司、井上圭一
連絡先(e-mail)
代表: shigeta [at] ccs.tsukuba.ac.jp
事務局 : noguchi-jimu [at] issp.u-tokyo.ac.jp